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六种不同文库制备试剂盒用于 FFPE 样品外显子序列捕获应用的比较
2018/08/16 15:28
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方案摘要：
产品配置单：
Agilent 2100 生物分析仪
型号： 2100
产地： 美国
品牌： 安捷伦
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摘要
外显子组测序和靶向基因组合测序是常用的新一代测序 (NGS) 方法，用于鉴定和表征科研与临床样品（如癌症样本）中的不同基因突变。基因组合靶标设计、实验室处理操作和生物信息学分析等许多因素都会影响变异/畸变检测的灵敏度和准确性。本文展示相同 FFPE 样品在多个供应商的六种不同文库制备试剂盒中得到的对比结果。在 100X 原始测序深度下，Agilent SureSelectXT HS 文库制备试剂盒在四个关键指标上表现出最佳性能，即在靶率、平均读出序列深度、20X 读出序列深度下的靶标碱基覆盖率以及捕获前文库产率。供应商 A 试剂盒在 20X 读出序列深度下的靶标碱基覆盖率和捕获前文库产率两个指标中排名第二；供应商 E 在在靶率和平均读出序列深度两个指标中排名第二。总体来说，Agilent SureSelectXT HS 试剂盒的性能优于评估的其他 5 种试剂盒。
前言
检测 DNA 样品中出现的遗传变异是基础与临床研究中至关重要的一步。靶向测序和外显子组测序是研究具有复杂突变谱样品（如肿瘤样品）的重要工具。聚焦于与疾病或表型相关的选定基因或基因区域，可使研究人员以更经济的方式进行更深度的测序。
在不同的靶标序列捕获工作流程中，杂交型靶向序列捕获可提供极大的灵活性和高质量的测序数据。标准靶标序列捕获工作流程包括捕获前 DNA 文库制备、目标区域的杂交捕获以及捕获后 PCR，以产生足够的测序文库。为最大限度提高杂交捕获效率，捕获前文库必须具有高产率和高复杂度。不同的市售文库制备试剂盒利用不同的酶、试剂和工作流程来优化捕获前文库制备效率。
Agilent SureSelectXT HS 文库制备试剂盒专门针对完整样品和 FFPE 样品进行了优化，分析周期为 8 小时，DNA 起始量低至 10 ng。分子条形码功能可准确灵敏地检测低频等位基因变异。最近一项研究表明，SureSelectXT HS 工作流程能够实现高灵敏度（检测极限约为 0.1%）和易定制化的 ctDNA 测序。
在本应用简报中，我们对比了六个不同供应商的文库制备试剂盒。由 4 个降解 FFPE 样品制备捕获前文库，然后与 Agilent SureSelect 人全外显子 V6 杂交。在 Illumina HiSeq2500 上对捕获文库进行测序。用多个测序 QC 指标确定这些试剂盒的性能。
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