在反相液相色谱的分析中，为实现对较低丰度多肽的鉴定，通常需要使用更长的色谱柱以提供更高的色谱峰容量，而较长的色谱柱也对于色谱耐受压力提出了更高的要求[1-2]。 本文我们以全新一代可耐压1500 bar的Vanquish Neo UHPLC 液相色谱搭载Orbitrap Exploris 480高分辨质谱仪，测试了不同长度的色谱柱在不同梯度内对Hela细胞裂解液的鉴定能力，同时也考察了全新的FAIMS Pro Duo在此色谱-质谱组合中的鉴定提升能力。

The purpose of the experiments described in this work was to assess the applicability of pyrolysis-gas chromatography-Orbitrap™ mass spectrometry for the qualitative and quantitative analysis of plastic polymers in complex biological matrices

常规蛋白组学一般为基于细胞群体内的研究，因此不可避免地 会将大量细胞内的信息平均化，已经越来越难以满足对生命功 能更加深入探究的需要。从单细胞层面去了解细胞特征以及彼 此之间的相互影响，可以为生物系统中细胞间的异质性提供更 宝贵的信息，因此有着越来越大的迫切需求。

柱后 TFA-Fix 技术和抑制器离子交换的方法，经过实验验证，表明两种方法都具有降低流动相中 TFA 对多肽的质谱抑制作用，提高样品在 MS 上的灵敏度。采用双三元液相色谱系统，充分利用双泵的功能，同时进行样品分析和柱后自动试剂添加，大大提高多肽样品在 MS 上的灵敏度。

随着蛋白组学、代谢组学、相互作用组学及中药现代化研究的不断深入，复杂体系 分离已成为分析化学研究的热点和难点之一。

本文使用新型离子交换色谱柱ProPac Elite WCX 5 μm 4.0mmX150 mm色谱柱和CX- 1Buffer缓冲液，进行pH梯度高分辨率分析非对称型双特异性抗体和对称型的IgG类抗体,使用MAbPac SCX-10 RS 5um 4.6 mmX50 mm色谱柱和CX-1 Buffer缓冲液，进行pH梯度高分辨率分析片段型双特异性抗体。解决了等电聚焦电泳和其他色谱分离模式不能分离的杂质异构体。给双特异性抗体的QC方法控制提供参考。

随着治疗性生物产品在全球药物市场所占份额的不断提高，各国监管机构通过发布质量源于设计（Quality by Design, QbD）原则等手段，对生物药的质量控制提出了更高的要求。对于生物制药企业而言，在生产及批次放行过程中对关键质量属性（critical quality attribute, CQA）和杂质等进行鉴定、定量和监控就显得尤为重要。传统的质控手段包括多种分离手段，如反相色谱（reversed-phase high performance liquid chromatography,RP-HPLC)、体积排阻色谱（size-exclusion chromatography,SEC）、离子交换色谱（ion-exchange chromatography,IEX）和毛细管电泳（capillary electrophoresis, CE）等。

规蛋白组学一般为基于细胞群体内的研究，因此不可避免地会将大量细胞内的信息平均化，已经越来越难以满足对生命功能更加深入探究的需要。从单细胞层面去了解细胞特征以及彼此之间的相互影响，可以为生物系统中细胞间的异质性提供更宝贵的信息，因此有着越来越大的迫切需求。

制药、农业以及加工制造业对特种化合物的巨大需求，一直是现代化学工业面临的巨大挑战之一。而现代化学工业需要在日益严格的监管审查情况下，不得不提出环境友好型的生产方法。由合成生物学和科技驱动的生物技术方法被认为是有潜力能够提供必要的持续解决方案。合成生物学的核心是将“设计-构建测试框架1”应用于重新设计的天然生物系统内以实现目的。通过在微生物（例如大肠杆菌2和链霉菌属3）的“生物工厂”中插入和微调遗传信息，组装复杂的酶促途径以实现化学物质的快速和多样化生成。像异丙基β-D-1-硫代吡喃半乳糖苷（IPTG）（Lac启动子）或四环素（Tet启动子）这样的诱导型细菌启动子，通常用于激活基因转录，开启工程化生物合成途径。然而，人们还未完全掌握这些诱导系统与整个细菌代谢组的相互作用，尤其是毒副作用方面的影响。

代谢组学旨在表征和定量生物系统中的完整小分子代谢通路或代谢物组。代谢物组包含小分子多元混合物（包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂质）。非靶向代谢组学极具挑战性，因为其要求定性和定量上百个不同种类化合物，而有关这些代谢物的经验知识有限。因此，有必要使用一个既可以以非靶向的方式灵敏检测特定分子，又可以提供精确质量数信息，用于确认未知物并对其进行结构解析的检测系统。

生物学是复杂的。为了解释这些复杂性，代谢组学分析需要复杂的分析技术和先进的软件解决方案。Thermo Scientific™ Orbitrap™ GC-MS HRAM 代谢组学库是第一个商用高分辨率精确质量（HRAM）电子电离（EI）代谢组学数据库。包含超过 800 种代谢物的 900 条专门的保 留指数索引，范围涵盖植物、动物和微生物中初级和次级代谢产物（包括挥发物）。将功能强大的 Orbitrap 质谱技术和独特的 Thermo Scientific 软件数据处理工具相结合，能够比以往更容易地应对代谢组学实验中非靶向检测带来的困难和挑战。

•这些实验的结果显示，绝大部分 Candida albicans 和 Staphylococcus aureus 之间互相作用都是跟糖类合成和以糖类作为主要碳源的代谢相关的，尤其是景天庚酮糖-7-磷酸 （sedoheptulose-7-phosphate）代谢。 •Compound Discoverer和 TraceFinder 自动化数据处理使得检测及鉴定发生具有统计显著性的改变的代谢物变得流畅、简单。 •更为重要的是，本文描述的代谢组学工作流程能够促进及时且可靠的数据采集、数据处理和结果阐释。 •这些实验取得的结果证明 Q Exactive GC 系统是一个有力的分析工具，可以用于研究复杂的细菌相互作用中的代谢变化，有助于提供前所未知的、关于分子水平上病原菌之间的相互作用的信息。 •总而言之，Q Exactive GC 质谱仪是一种独特的分析工具，仅需简单设置即可通过全扫高分辨实验检测大量小分子代谢物。

在此介绍的 Q Exactive GC 系统的工作流程顺序为样品制备、自动衍生化、GC 分离和质谱检测、数据分析和结果报告。这一工作流程使 Q Exactive GC 系统成为挥发性化合物和需衍生化非挥发性化合物进行代谢组学分析的独特分析工具。 卓越的色谱分离能力、可重现的色谱分离结合快速数据采集使 Q Exactive GC 系统成为复杂代谢组学分析的理想平台。 超高分辨率、始终如一的亚 ppm 的精确质量数测量为复杂生物分解基质中存在的多种代谢物提供了可靠和高选择性的分析。 较宽的动态范围为分析样品中的代谢物提供高灵敏度和持续检测，且质量数精度丝毫不受影响，同时为已检测到的代谢物提供精确的相对定量。 可依据已有商用库使用获得的 EI 数据对化合物进行初步识别，使研究人员对结果进行评价。同时，得到的精确质量数允许对数据进一步分析，如使用裂解分析（例如，Mass Frontier）或使在此介绍的 Q Exactive GC 系统的工作流程顺序为样品制备、自动衍生化、GC 分离和质谱检测、数据分析和结果报告。这一工作流程使 Q Exactive GC 系统成为挥发性化合物和需衍生化非挥发性化合物进行代谢组学分析的独特分析工具。 卓越的色谱分离能力、可重现的色谱分离结合快速数据采集使 Q Exactive GC 系统成为复杂代谢组学分析的理想平台。 超高分辨率、始终如一的亚 ppm 的精确质量数测量为复杂生物分解基质中存在的多种代谢物提供了可靠和高选择性的分析。 较宽的动态范围为分析样品中的代谢物提供高灵敏度和持续检测，且质量数精度丝毫不受影响，同时为已检测到的代谢物提供精确的相对定量。 可依据已有商用库使用获得的 EI 数据对化合物进行初步识别，使研究人员对结果进行评价。同时，得到的精确质量数允许对数据进一步分析，如使用裂解分析（例如，Mass Frontier）或使在此介绍的 Q Exactive GC 系统的工作流程顺序为样品制备、自动衍生化、GC 分离和质谱检测、数据分析和结果报告。这一工作流程使 Q Exactive GC 系统成为挥发性化合物和需衍生化非挥发性化合物进行代谢组学分析的独特分析工具。 卓越的色谱分离能力、可重现的色谱分离结合快速数据采集使 Q Exactive GC 系统成为复杂代谢组学分析的理想平台。 超高分辨率、始终如一的亚 ppm 的精确质量数测量为复杂生物分解基质中存在的多种代谢物提供了可靠和高选择性的分析。 较宽的动态范围为分析样品中的代谢物提供高灵敏度和持续检测，且质量数精度丝毫不受影响，同时为已检测到的代谢物提供精确的相对定量。 可依据已有商用库使用获得的 EI 数据对化合物进行初步识别，使研究人员对结果进行评价。同时，得到的精确质量数允许对数据进一步分析，如使用裂解分析（例如，Mass Frontier）或使用标准品进一步确认目标化合物。本例中，氨基酸信号的时间依赖性演变为检测死亡时间提供了一种简便的生化法医分析检测法。

多溴联苯醚（PBDEs）在70年代早期迅速发展，现在作为各种服装家具以及塑料等等消耗产品的阻燃剂。大量的这些消耗产品以城市垃圾填埋的方式处理，这种处理方式会使多溴联苯醚渗入地表水中以及在某些生物系统中聚集。最近的研究表明在这些生物系统中PBDE的浓度不断上升。在上世纪80年代在欧洲的排水沟中检测到PBDEs，这促使欧盟禁止生产以及使用含有PBDE的产品。尽管目前PBDEs的毒性还在研究之中，但已有证据表明PBDEs会导致内分泌失调以及肝功能的损伤。出于这方面的考虑加利福尼亚洲计划禁止生产和使用多溴联苯醚而美国北方的其它州很有可能也会跟进。欧盟也计划禁止生产和使用PBDEs。 加速溶剂萃取仪（ASE）从1995年推出以来就得到了美国环保署的肯定并且在EPA 3545A中推荐使用。而事实也证明ASE是方便环境实验室前处理的实用技术。ASE使用高温以及高压来加快萃取过程的动力学，因此它减少了萃取时间以及溶剂消耗。同时ASE是全自动，最多可一次自动处理24个样品。在这篇应用注释中，提取PBDEs的样品是人乳（冻干的），沉淀物，鱼类组织以及聚合物。

使用ProSightPD可对复杂蛋白质混合物进行自动化的高通量top-down蛋白质组学研究。仅用5 µg蛋白，即可鉴定到大肠杆菌核糖体蛋白复合物中超过90%的组成蛋白。得益于Orbitrap质谱的高分辨率和高质量串联谱图，ProSightPD可精准测定蛋白质序列、蛋白翻译后修饰类型及位点。这一工作流程可用于蛋白复合物的组成研究和翻译后修饰研究等，与bottom-up和native MS等蛋白质组学技术互为补充，提供更加全面的蛋白质结构信息。

得益于增强型主动离子管控技术（AIM+），TSQ Altis三重四极杆适用于复杂生物学样本中低丰度蛋白的分析，可以完成蛋白组学中的相对定量和绝对定量实验，全面提升了蛋白组学中的定量验证能力。此外，基于高分辨Orbitrap的蛋白质组学的发现型研究到基于TSQ Alits的蛋白质组学定量可以实现无缝对接，用于潜在生物标志物的发现、验证和确认。

第二代“三合一”质谱——Orbitrap Fusion Lumos 通过诸多技术革新和性能深度优化，除解决复杂糖肽结构解析、完整蛋白Top-Down 分析等最具挑战的疑难问题外，也能够很好地进行复杂样品中的低丰度蛋白/化合物定性定量，更为高效地进行蛋白质组学深度测定，并应用于大规模临床样本等的高强度检测。

Monoclonal antibodies (mAbs) are currently the dominant class of protein therapeutics in the biopharmaceutical industry due to their high specificity to target antigens, long serum half-life in humans, and capabilities for use in the treatment of a wide range of ailments such as inflammatory diseases and cancer. During product expression and purification from host cells, formulation, and storage, mAbs may undergo various degradation processes, which may alter the safety, efficacy, and quality profile of the drug product. Consequently, a number of critical quality attributes (CQAs) must be monitored throughout drug development and production to ensure biotherapeutic substances are suitable for clinical use.

The biopharmaceutical industry continues to develop mAb-based biotherapeutics in increasing numbers. Due to the complexity of these biotherapeutics, there are several key quality attributes (CQAs) that need to be measured and controlled to guarantee their safety and efficacy. The presence of aggregates in a formulated drug product must be assessed to avoid potential issues with immunogenicity.

赛默飞全新三重四极杆液质联用仪 TSQ Altis 平台上 建立了同时定量检测 9 种激素类化合物的液质联用方法。 由实验结果可以看出，该检测方法不仅具有优异的专属性、 灵敏度和线性范围，而且通过对日内精密度的测试也反映了 仪器及方法的稳定性良好，使用本方法进行激素类化合物的 分析可以保证数据的可靠性。

Metabolic profiling and structural elucidation of possible metabolites via LC/MS/MS was simplified and accelerated by Fragment Ion Search (FISh) processing in Mass Frontier 7.0 software. This workflow can be combined with Multiple Mass Defect Filtering (MMDF) in MetWorks 1.3 software for reduced processing times without incurring false negatives. The availability of high-resolution, accurate mass LC/MS/MS data minimizes the possibility of false positives in the generated list of related components. All known metabolites of ticlopidine in a S9 human liver fraction incubation were detected and identified using this automated processing workflow, including the unusual S-oxide dimer metabolite. This is interesting to note because FISh was able to provide an indication for the presence of this metabolite just through the identification of an in-source fragment.

通过 Trypsin，LysC，Chymotrypsin，GluC 和 AspN 5 种酶进行多酶酶切，采用 HCD 和 ETD 两种互补碎裂方式，以及后续的软件分析和人工确认，建立了单抗药物简单、快速的 De novo 质谱测序分析流程，为未知氨基酸序列蛋白药物的分析和确认提供了质谱方法，有望大规模应用于生物制药企业的早期研发中。

基于 Orbitrap 技术的 Q Exactive Plus Biopharma 质谱平台，在完成常规肽图分析、变性质谱条件下测定蛋白分子量的同时，还可以与体积排阻色谱串联，方便快捷的测定非变性条件下 ADC 样品，尤其是 Cys 偶联样品的分子量。

首先对 293T 细胞裂解液酶切肽段建立谱图库，鉴定到 87743 个肽段，6270 个蛋白，然后用 DIA 对 293T 细胞裂解液酶切跳段进行定量分析。使用 170 min 的梯度，DIA 就能定量到 77000 个肽段，6000 个蛋白，显示出基于 Orbitrap 的 DIA 具有非常高的定量通量。

展示了 DIA 定量重现性好，missing values 少和 CV 小等优点。仅通过 90 min 的梯度 DIA 就能定量接近 30000 个肽段，3000 个蛋白, 实现高通量定量分析。

各种裂解液中含有的去垢剂均会影响胰蛋白酶活性，并且对质谱分析产生很大影响，因此均需要在蛋白质样品酶解前除去。不同的去垢剂也均有不同的去除方法，包括常用的超滤和丙酮沉淀等。 在进行各种各样纷繁复杂的蛋白质组学实验时，我们需要根据我们具体的实验目的来选择合适的裂解液和裂解方法，才能保证我们后续实验顺利进行，并且获得可信的结果。

在二氧化钛富集结合强阳离子交换分级的技术路线中， SCX 分级的梯度还值得进一步优化，对于这种组分较少 的预分级方法，阶梯洗脱会是一个更好的选择。这种大规 模的磷酸化肽段富集方法对样品的起始量要求比较高，如 果样品较少的话，建议采用二氧化钛富集结合强阳离子交 换的策略，一般 2 mg 起始蛋白就能得到较多的磷酸化位 点鉴定。ThermoFisher 也提供了商业化的 IMAC 试剂盒 （Cat # 88300），鉴于 IMAC 和 TiO2 对磷酸化肽段富集 有着较好的互补性，这两者联用会对磷酸化蛋白质组的深 度覆盖达到更好的效果。

RSLC具有宽泛的流速-压力范围、极短的进样周 期、超高效的柱温控制、超快速数据采集和处理能力， 能够在保持高分离度高灵敏度的超快速条件下实现最好 的分析结果。 本实验采用2.2 μm填料的色谱柱，通过不同的梯度洗脱条件，在U3000 RSLC上开发了两个不同的快速分析方法，分离度均可以达到测定的要求。方法一分析过程最高压力500 bar，可以应用到耐压600 bar的常规液上。快速分析方法缩短了分析时间，节省了样品和溶剂使用量，对于目前用户日益增大的样品量和一些不太稳定的样品的分析具有很大的应用空间。

RSLC具有宽泛的流速-压力范围、极短的进样周 期、超高效的柱温控制、超快速数据采集和处理能力， 能够在保持高分离度高灵敏度的超快速条件下实现最好 的分析结果。 本实验采用2.2 μm填料的色谱柱，通过不同的梯度洗脱条件，在U3000 RSLC上开发了两个不同的快速分析方法，分离度均可以达到测定的要求。方法一分析过程最高压力500 bar，可以应用到耐压600 bar的常规液上。快速分析方法缩短了分析时间，节省了样品和溶剂使用量，对于目前用户日益增大的样品量和一些不太稳定的样品的分析具有很大的应用空间。

RSLC具有宽泛的流速-压力范围、极短的进样周 期、超高效的柱温控制、超快速数据采集和处理能力， 能够在保持高分离度高灵敏度的超快速条件下实现最好 的分析结果。 本实验采用2.2 μm填料的色谱柱，通过不同的梯度洗脱条件，在U3000 RSLC上开发了两个不同的快速分析方法，分离度均可以达到测定的要求。方法一分析过程最高压力500 bar，可以应用到耐压600 bar的常规液上。快速分析方法缩短了分析时间，节省了样品和溶剂使用量，对于目前用户日益增大的样品量和一些不太稳定的样品的分析具有很大的应用空间。