2020年是蛋白质组学发展关键的一年,全球新冠疫情突显了蛋白质组学在应对公共卫生危机中的临床应用。人类可以从这次新冠疫情中汲取许多经验,毫无疑问地,这些将在未来几年内影响蛋白质组学发展。近日,Technology Networks与布鲁克·道尔顿生命科学质谱执行副总裁Rohan Thakur博士进行了交流,讨论了蛋白质组学的研究现状以及蛋白质组学在新冠疫情研究中发挥的作用。
间由传统60-90分钟的运行缩短到11分钟。例如Roman Fischer博士和Andrew Webb博士的研究就利用timsTOF Pro成功缩短了分析时间。
布鲁克于2020年5月8日完成了与IPA的资产并购,并在HUPO 2020大会推出了新产品PaSER,实现了“实时数据采集与分析”功能,当数据采集完成时很快即可以获得蛋白与肽段信息。
Rohan Thakur:Catherine Wong(黄超兰)教授在《Nature Communications》上发表的一篇关于COVID-19的研究论文。他们利用timsTOF Pro得到蛋白质组学数据并提出了新冠肺炎两阶段的发病机制。
近年来,蛋白组学处理数据速度不同往昔,高速的数据采集与处理允许您首先决定蛋白质组学研究数据是否合理。科学家们可以成功进行全群体的蛋白质组学研究,这些在短短两三年内取得的进步,实际正在改变人们对数据的看法,我认为这是我们所有人都面临的挑战。
Rohan Thakur:MetaboScape是布鲁克代谢组学分析的关键软件包,SCiLS是一款出色的成像软件。在MALDI-2发布后,我们使用SpatialOMx从一个组织样本中收集蛋白质组学和代谢组学数据。通过综合这些信息并将其提供给技术人员、病理学家或肿瘤科医生,他们可以根据治疗或疾病进展来查看不同的分子特征,并决定如何进行个性化治疗。
Rohan Thakur:我们有两项主要工作。一个是澳大利亚Jeremy Nicholson教授团队在研究COVID-19相关代谢和代谢物方面展现了出色的研究成果,为了解新冠后综合症铺平了道路。
图:澳大利亚国家表型研究中心(ANPC)
第二个项目是,Catherine Wong(黄超兰)教授团队用timsTOF Pro技术对COVID-19患者与健康志愿者的尿液样本进行蛋白质组学分析。这项研究利用dia-PASEF等方法可以检测到更多蛋白质提高了蛋白的覆盖深度。
[来源:布鲁克·道尔顿(Bruker Daltonics)]
初代timsTOF Pro单个细胞蛋白质定量突破3000大关
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