中药物质基础研究是阐明中药传统功效现代科学内涵的关键环节。系统回顾该领域从早期聚焦单一活性成分筛选,逐步发展为关注多成分协同、整体药效解析的研究范式转变。重点评述化学物质组学、网络药理学、代谢组学及肠道微生态学等新兴技术在推动中药研究从“还原论”向“整体观”转型中的重要作用。进一步提出“中药肠道转化物质组学”这一整合性概念,强调肠道菌群在中药成分转化与药效发挥中的核心角色,并展望了多组学整合与人工智能在解析中药系统作用机制、推动精准用药与质量评价等方面的未来方向,以期为中药现代化与国际化的深入发展提供理论支撑与方法学参考。