抗菌肽产业是一个新兴的高科技生物工程和生物技术产业。由于早期生物工程方法不完善，抗菌肽的提取极为昂贵，限制了在医药、农业、工业上的应用。随着转基因技术的进一步发展，现已可以使用工程细菌或酵母菌进行抗菌肽的大量生产，但其核心技术仅被为数不多的科学家和公司掌握。其市场应用广泛，在农业上，可用于饲料添加剂，并且适合各种动物的饲养；医药上，可以作为的抗菌素替代品，也被认为是将来能克服癌症、艾滋病很有希望的药物；工业上，可以作为绿色防腐剂；人类生活上，可作为保健品与抗菌物的替代品。
现在大多数临床试验是用于局部治疗，这种治疗应该是安全和有效的，因为一些毒性更强的多肽和脂多肽，如短杆菌肽S，多粘菌素B已被用于制造皮肤软膏。这些多肽也可用于那些常规抗生素和常规疗法无效的地方。利用粉剂的方法治疗肺部感染是一个很有前途的发展方向。口服药物可能会被用于治疗肠道感染，nisin正在进行抗螺旋杆菌的临床试验。至少有两个公司正在开发非肠道给药的治疗方法。
抗菌肽基因工程在农业上的应用，主要是用于转化农作物培育抗病品种。由于抗菌肽对多种植物病原菌有杀菌活性，将抗茵肤基因导人植物体内表达可望提高其抗病能力。
抗菌肽基因用于转化农作物培育抗病品种，如抗马铃薯青枯病、烟草抗青枯病及水稻抗白叶枯病等已有良好的开端。
抗菌肽对正常哺乳动物细胞无不良影响，但对癌细胞株，部分病毒则有明显杀伤作用。这预示抗菌肽在治疗及预防癌症和抗病毒方面具有良好的应用前景。
由于某些多肽抗生素对一些植物致病细菌和真菌具有很强的抗性，一些多肽抗生素已经被用于植物抗病基因工程。如Jaynes等将两个cecropin的类似物基因，Shiva-I基因和SB－37基因转入烟草，发现Shiva－I的转基因烟草对青枯病具有一定的抗性，而SB－37的转基因烟草没有抗性。Huang等的研究表明将cecropin类多肽MB－39基因与大麦、淀粉酶信号肽基因融合后转入烟草中，所得植株野火病的抗性增强。在国内，黄大年等利用cecropinB基因转化水稻，得到了一些对水稻细条病具有不同抗性的植株。
抗菌肽动物转基因的研究也已经取得了一些进展，比如可以通过基因工程的方法来阻断一些虫媒疾病的传播，Possani等的研究表明，在蚊子体内表达Shiva-3可以抑制疟疾的传播，但是在蚊子的转基因技术方面还存在着一些困难；Durasu1a等通过在长红猎蟋的共生菌中表达CecropinA明显减少了其体内锥虫的数量。Reed等将Shiva-Ia转入小鼠中，转基因小鼠对布鲁氏杆菌的抵抗力显著增强，这为人工培育抗病饲养动物新品种提供了新思路。此外，抗菌肽在食品防腐，鲜花保鲜和动物饲料添加剂等方面的应用研究也正在进展之中。
1、Thanatin的基因序列：
ATGACTTCATCAAGATGCATGTTGGTGCTAGCTTGCCTAGCTTGTATTGGTATAGCCTCAGGAAGACACCTGGCCCCTGGAGCACCGGACATATTCACACGTCTAACCAGGTCTTTGGACGATAACCAGTCTGCTTTCAATGATGACGATGAACTCACCGAACTTCTGCGTCCCACCAGATCCCTGGACGATAACCAGTCTGCTTTCAATGAAGAAGATGAACTGGCCGAACTCGAGCGTCCAACCAGGTCTCTAGATGACAACCAGTCAGCTTTCAATGAAGAAGATGATCTTGCAGAACTCCAGCGCCCCACCAGGTCCCTAGATGATAACCAGTCTGCCATCGTTGA
AGACGATAAATTCCAACATGAGTTGGTGAGACAGAAAAGGGGGAAAGTACCGATAATTTACTGCAACAGGAAGACCGGGGTTTGCAAGCGAATGTAA Thanatin 除了对水稻立枯丝核菌无明显抑菌效果外，对其它 5 种供试真菌均有明显的抑制菌丝生长的效果，尤其是对尖孢镰孢菌、黄色镰刀菌和辣椒炭疽病菌的效果为好。在抗细菌活性的检测中，Thanatin 对革兰氏阴性菌（大肠杆菌 E.coliDH5α）和革兰氏阳性菌（金黄色葡萄球菌）的生长均有抑制作用。Thanatin 则是由斑腹刺益蝽鉴定发现的既对丝状真菌有抗性，又对细菌有抗性的双抗因子。
2、AFP的基因序列;
AAGGTCGTTTCTCTCGCTTCTCTGGGTTTCGCCCTCGTCGCTGCCCTTGGCGTGGTAGCCAGCCCCGTGGATGCCGATTCTCTCGCCGCAGGTGGTCTGGACGCAAGAGACGAGAGCGCCGTTCAAGCCACATACGACGGTAAATGCTACAAGAAGGACAATATCTGCAAGTATAAGGCACAGAGCGGCAAGACGGCCATTTGCAAGTGCTATGTCAAAGTGTGCCCCCGAGACGGCGCGAAGTGCGAGTTTGACAGCTACAAGGGCAAGTGCTACTGCTAG
AFP来自巨大曲霉，根据《巨曲霉(Aspergillus_giganteus)中的抗真菌蛋白质AFP
能抑制大麦上不同镰刀菌的二次生长1》，镰孢菌属的生长被有效的抑制，蛋白的抗真菌能力也得到了验证。在添加了AFP的大麦上，禾谷镰孢菌、燕麦镰刀菌和梨孢镰刀菌的生长受到了显著抑制。由《产抗真菌蛋 白(A FP )巨大 曲霉 的分离鉴定及 A FP 的提纯》王德良 郭立芸。得知，AFP对霉菌的抑制率：
AFP对饲料中的多种霉菌都有抑制作用，并且徐军将它在绿色木霉里成功表达。《一个抗真菌蛋白在绿色木霉中的分泌表达_徐军》 3、几丁质酶的基因序列;
ATGGGCTCAGAGACGGCGGTCACTGTGGAGGTGGAAGGCATCCCATTCCTGCCGGAGATCACCGTCGCTAAGCCTCTCTCACTCGTTGGCCACGGCATTACAGACATTGAGATTCACTTCCTTCAGATCAAATACAACGCCATCGGGTTATATCTCGAGAAAGACAATGTACTAGAGCATTTGGAGGATTGGAAGGGCAGGAAGGCAGTGGAACTAGTAGAGGATGATGCTTTCTTTCAAGCCCTTGTTTCTGCTCCTGTGGAGAAACTCTTCAGGATCGTGGTGATCAAGGAGATTAAAGGATCGCAGTACGGTGTGCAGCTGGAGAGCTCTGTCAGGGATCGGCTGGTCTCTGCCGATAAGTACGACGACGACGAGGAAGAGGCTCTCGAGAAGGTCACTGACTTCTTTCAGTCCAAGTATTTCAAGCCCAACTCCGTGGTCACCTTCCACTTCCCAACGACTCCTGGAGTTGCAGAGATATCATTTGCGACAGAAGGCAAGGATGAAGCGAAGACGACTGTGGAGAACACGAACGTG
GCAGAGATGATTCAGAAATGGTACCTGGGAGGGGCATCCGCAGTTTCTCCAGCGACTGTTAAGAGCCTGGCAGATCATTTCGCAGCACTGCTCTCTCCATGA
几丁质酶分多种，几丁质酶已经研究很广，很深，做过的人很多，比如《苏云金芽孢杆菌几丁质酶基因chia在枯草芽孢杆菌中的分泌表达》，也有人做过几丁质酶对串珠镰刀菌抑制的活性《嗜热真菌热稳定几丁质酶基因的克隆_表达与分子改造_张婕》《葡萄几丁质酶基因在毕赤酵母中的表达及其生物活性研究1》 4、抗菌肽KS26的基因序列
:AAGAAGGTTTCCTTCAAGGTTAAGTTCAAGTCCGCTTGGGCTAAGACTGTTCATACTGCTAAGCTGGCTCCTATTTCC
KS26属于阳离子抗菌肽，是一种由12- 50个氨基酸组成的阳离子型的两亲性分子。它既有抗革兰氏阳性和革兰氏阴性菌的作用，具体的细菌不明确。有文献记录在《抗菌肽KS26基因的串联及在毕赤酵母中的表达》 5、抗菌肽Fengycins的氨基酸包括
L-Glu, D-Orn, L-Tyr, D-allo-Thr, L-Glu,D-Ala (or D-Val), L-Pro, L-Glu, D一Tyr和L-Ile，
抗菌肽Fengycins是从枯草芽孢杆菌产生的一种抗生素，它是一类一段β-羟基脂肪酸链和10个氨基酸(其中8个氨基酸组成1个环)组成的化合物。
《抗菌肽Fengycins抑制串珠镰刀菌的初步机制》显示出对串珠镰刀菌的抑制作用明显。
6、兔防御素NP1的基因序列
ATGACGAAGATGAGCTCAGGGAATATGAAAGACAAGCATCGCTCCTACA
AAAGAAAAGGGAGTCCAGAAAGAGGGGAGAGGAAGAGACACTGGCAGACAACTCATCACAGGAGCAGGAGCCGCAGCCCGATCCGACACAGTGGGGAGAGAGGCTCGGGCTCATATCATCAGGAACACCCAATCAGCCACCTATTGTCTTGCACTGCTTCGAAGACCTCAGACCAAGTGATGAAGACGAGGGAGAGTACATCGGGGAAAAAAGACAATAGAACAAATCCATACACTGTATTCAGTCAACACAGAGCTTCCAATCCTGAAGCTCCAGGGTGGTGTGGGTTCTACTGGCACTCTACTCGCATTGCTAGAGATGGTACTAATTCAATCTTTAATGAAATGAAACAACAGTTTCAACAGCTACAAATTGATAATAAAATAGGATGGGATAACACTAGAGAACTATTGTTTAATCAAAAGAAAACACTAGATCAAAAATACAGAAATATGTTCTGGCACTTTAGAAATAACTCTGATTGTGAAAGATGTAATTACTGGGATGATGTGTACCGTAGACACTTAGCTAATGTTTCCTCACAGACAGAAGCAGACGAGATAACTGACGAGGAAATGCTTTCTGCTGCTGAAAGCATGGAAGCAGATGCCTCCAATTAA
兔防御素NP-1是迄今抗性谱最广的防御素之一,能抗革兰氏阳性细菌、阴性细菌、分枝杆菌、螺旋体、许多真菌和一些被膜病毒《兔防御素NP-1基因在小麦抗病育种中应用的初步研究-》 兔防御素NP2的基因
ATGCTGACATATCTCTCCATATTCTGCTTCTTCATTGCAGTCATCTCAACAGGGGACTGCCACAGTTTTAGAAATTGCTCCTATCATGGAAAACTTTATGATTTTGGAGAACACTTCATGGATAACTGTAAATCTTGTGAATGTACTGAAGGAGGCATTGTACTGTGTATGGGAATTGCTGACTGCTCAGAGCCATATGTGTGTCACCATAATGGAACAGCATACAAAGCAGGAGAAAAATTCCCTGCA
CCCACAGGAGAGTGCACATGCACTTATGATCGTGGGATCATTTGTTCCGTCAATAAAAAGGTACATTAA
兔防御素NP2是防御素家族成员之一,从兔子的多形核嗜中性细胞中分离出来,对革兰阴性细菌、阳性细菌、分枝杆菌、真菌、某些恶性肿瘤细胞和被膜病毒如艾滋病病毒有较强的毒杀作用,对正常功能的细胞几乎无毒害作用《兔防御素NP2酵母表达液抗菌活性的研究》
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