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Cytek 40色文章发表,详细方案及数据公布!

Cytek Biosciences发布时间:2020/09/17 11:45 点击: 加载中..

将40个颜色放到一管里检测?这篇文章中,我们介绍了Cytek基于全光谱流式细胞术开发的40色人外周血主要细胞亚群深度免疫表型分析方案,但方案的详细信息一直未得到披露。近日,随着Cytek 40色文章的成功发表,我们也将40色方案的详细信息分享给广大的流式用户,希望能对广大研究者的临床及科学研究有所助益。

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随着临床应用及科学研究的不断深入,研究者们希望在单个样本或同一时间点中获取的信息越来越多,但往往由于样本限制,开展多种类型的检测比较困难。Cytek 光谱流式技术的出现,使这些更为深入的科学研究成为可能。以40色方案为例,方案不仅包括识别特定细胞亚群的标记,如CD4 T细胞,CD8 T细胞、调节性T细胞、NK细胞、NK细胞、单核细胞和树突状细胞,还纳入了进一步细分的标记,如激活、分化及趋化因子受体标记。(图1)

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图1-Cytek 40色深度免疫表型方案



这样一个40色组合,可以帮助研究者最大化的从单个样本中获取相关信息。可用于深入研究感染性或自身免疫性疾病的免疫反应特征,监测免疫治疗或化疗的肿瘤患者的免疫状态,以及发现独特的和靶向性生物标记。


40色方案的手动设门逻辑如下图所示,按图中箭头所示,在去除黏连体和死细胞后,根据不同免疫标记表达情况,依次圈出嗜碱性细胞,单核细胞,淋巴细胞,TCR γδ+T细胞,TCR γδ-T细胞,NKT细胞,NK细胞,Treg细胞,B细胞,树突细胞,ILCs细胞等约16个主要的细胞亚群。详细的手动设门方法可参考下面的逻辑关系图(图2)。

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图2-Cytek 40色方案的手动设门逻辑



为了显示手动与自动分析的一致性,我们用来自四个供者的PBMCs样本进行高维数据分析,FlowSOM集群展示在两个UMAP维度上。重叠图为四个样本数据串联后的所有事件,图的密度表示各个样本在细胞群体分布上的差异。正如预期,这样一个高分辨率和高维数据的的组合,不可避免存在少数逃逸规范定义的细胞群体,这些群体被显示为灰色。(图3)

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图3-高维数据聚类分析结果示意图

 


利用UMAP进行降维分析进一步了解各个细胞亚群上不同免疫标记的表达差异情况(图4)。标记表达的强度可参考图右方的比例尺获取,红色表示强表达,蓝色则表示弱表达。

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图4-高维数据降维分析结果示意图


所有的结果证实,


Cytek 40色方案是一个强大的研究工具,它几乎覆盖了人类外周免疫系统中的全部细胞组成,可用于深入分析用于深入研究人类外周血中的淋巴细胞、单核细胞和树突状细胞等细胞群体。Cytek 40色方案展示出了优秀的细胞群体分辨率,对于那些可用样本有限、或寻找独特的生物标志物的研究尤其有用。它也是基于光谱流式细胞术,发布的第一个OMIP方案。


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