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德国耶拿LOOXSTER Enrichment kit助力宏基因组研究

发布时间:2016/06/01 09:58 点击: 加载中..

     

      早在1998年,由Jo Hadnelsman博士提出宏基因组的概念,这个主要用于研究一个环境中所有微生物群体的基因组信息,该技术打破了传统微生物学研究中预培养的局限,可以直接对各种环境中微生物DNA进行高通量测序。目前该技术已广泛应用于各种微生物环境研究,基于宏基因组测序技术已开展多项国际研究计划,例如欧盟人肠道宏基因组计划、人类微生物组计划等。同时,随着二代测序技术在疾病领域研究的发展,以微生物菌群为靶点的治疗方案已成为精准医疗的一个重要方向。

       肠道菌群是人体的“第二基因组”,它与与人类健康有关的全身很多疾病都有密切的关系,比如肥胖、糖尿病、免疫炎症、结直肠癌、大脑神经疾病等。所以肠道微生物菌群目前已成为研究的热点。

      但关于宏基因组的测序技术,比如肠道微生物菌群的测序,在研究中遇到的一个问题是核酸提取得出的核酸中,很大一部分是宿主的基因组,在测序中得出的数据中,有很大一部分是无效数据,而且,有很多微生物因为含量非常低,常常得不出相关的任何信息。近期,在Journal of Microbiological Methods上发表了一篇文章《changes in 16s RNA Gene Microbial Community Profiling by Concentration of Prokaryotic DNA》,在这篇文章中,研究者采用了耶拿公司的LOOXSTER Enrichment kit来分离微生物含量低的肠粘膜组织中原核和真核DNA,并且对16s rRNA进行了测序。LOOXSTER Enrichment kit减少了样本中约70%的人类基因组,通过Illumina Miseq平台检测到16s细菌基因组的量增加了3.5倍。这些增加的细菌基因组,包含41个额外的细菌基因组和94个测试性物种。检测到的额外的细菌分类群占总的细菌总量的25%多,这极大的帮助科研工作者了解到肠道微生物群的构成。

      LOOXSTER Enrichment kit是耶拿公司的一项专利技术,这个产品是依靠专利的一种蛋白,这种蛋白可特意地结合原核生物DNA的非CpG岛的甲基化DNA,将原核生物从核酸的混合物中分离出来。对于宏基因组学和微生物基因组学研究中微生物的拷贝数较低,下游做定量PCR或者是测序时,耶拿公司的LOOXSTER Enrichment kit可以帮助您更高效的进行研究。

 

     备注:如果您对文献感兴趣,请联系德国耶拿公司生命科学或请参考:

J Microbiol Methods. 2015 Dec;119:239-42. doi: 10.1016/j.mimet.2015.11.001. Epub 2015 Nov 10.

Changes in 16s RNA Gene Microbial Community Profiling by Concentration of Prokaryotic DNA.

 

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