【案例分享】稳定输出，样本DNA提取结果不再靠玄学

MP中国

2021/01/13 13:27

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最近实验室的师兄师姐们反馈，试用了MP的两款柱膜法新品试剂盒（SPINeasy DNA Kit for Soil和SPINeasy DNA Kit for Feces）都得到比较理想的实验数据，问了一圈身边的科研小伙伴们，认为操作简便，提取DNA纯度高、收率好的试剂盒为优先考虑购买的上上之选。下面小编与大家分享下部分类型样本DNA提取的实验成果吧~

【土壤与沉积物样本】

土壤poly.png

针对土壤和沉积物型样本DNA提取，实验中大家选择了使用土壤基因组DNA提取试剂盒（柱膜法）SPINeasy DNA Kit for Soil（货号 116530050），操作简便快捷，同时样本应用范围广泛。

案例分享1

样本类型：高原植物根系土壤

面临挑战：提取高原植物根系土壤，含腐植酸较高。对比了若干款进口和国产DNA试剂盒后，存在DNA提取纯度低太低问题。

试用结果数据：

试用体验：
1、提取时间大大缩短；
2、操作相对比较简便；
3、提取效果相对较好，降解减少；
4、260/230有所提高，杂质减少。

案例分享2

图源中国科学院城市环境研究所

样本类型：蚯蚓肠道内容物和所在土壤

面临挑战：客户自备的试剂盒，DNA提取浓度比较低（37.2 ng/μl），260/280为1.796，纯度仅为0.044，后续要做扩增子测序和高通量芯片荧光PCR，不能满足后续实验要求。

试用体验： 结合MP公司提供的技术建议，经实验优化后，DNA提取浓度和纯度都有所提升，肠道内容物浓度为87 ng/μL，土壤样本浓度为48 μg/uL，260/230为1.4。目前提取出的浓度已满足下游的实验用量。

案例分享3

样本类型：农田土壤

面临挑战：提取DNA效果不理想。

试用结果数据：

试用体验： 操作便捷，提取的DNA作为模板进行qPCR，在对照组的土壤样品中加入了等量的真菌孢子，最终qPCR结果中，实验组和对照组的CT值基本一致，说明产率上差异不大。

案例分享4

样本类型：河流湖泊沉积物

面临挑战：DNA提取效果差

试用结果数据：
试用体验：提取的DNA纯度有明显提高，260/230远大于1.0，DNA纯度较好，提取操作步骤比较简便。

【微生物样本】

微生物.png

土壤基因组DNA提取试剂盒（柱膜法）SPINeasy DNA Kit for Soil不仅可用于土壤样本DNA提取，试剂盒内裂解液、杂质去除剂及漂洗液能够针对菌体特性很好地去除影响DNA纯化以及下游实验的抑制剂，从而提取到更多的微生物DNA。

案例分享5

样品类型：水管内壁生物膜，提取管道内的淤泥和滋生的各种微生物

面临挑战：DNA提取纯度低。

试用结果数据：

试用体验：试用后A260/230达到了1.73，纯度大大提高，对实验结果满意。

【粪便与肠道菌群】

在过去的十年里，粪便样本分析实验占了很大比例。这些被消化的废物和微生物基质中含有的微生物群落影响着我们多种健康线索。不过嘛，整个实验操作过程可谈不上很愉快。对于粪便样本DNA提取，获得纯净、无抑制作用的DNA，同时保持高的产量，操作时间缩短那是最好不过了。以下是使用MP粪便基因组DNA提取试剂盒（柱膜法）SPINeasy DNA Kit for Feces（货号#116531050），看看他们有什么心得体会吧~

案例分享6

样本类型：蜜蜂粪便

面临挑战：DNA提取纯度低，260/230低，260-280之间没有明显峰值

试用结果数据：

试用体验：提取结果较好，满足宏基因组测序要求。

案例分享7

样本类型：小鼠粪便和肠道内容物

面临挑战：DNA提取效果不理想

试用结果数据：
试用体验：试剂盒整体上使用起来操作比较简单，提取效果较好，260/230大于1.0，满足后期PCR和测序需求。