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DNA甲基化试剂盒选择之华山论剑

发布时间:2017/06/01 16:10 点击: 加载中..

CpG岛的胞嘧啶的DNA甲基化是一种表观遗传学机制,在生物过程比如细胞分化和发育中起着重要的作用。另外,异常甲基化是恶性肿瘤的一个标志,并在致癌过程中发挥关键作用,一些DNA甲基化生物标志物已用在肿瘤的预测、诊断和筛选上,所以甲基化是目前肿瘤研究的一个热点。针对肿瘤研究,样本通常有FFPE 样本、血清/血浆、组织等。

     重亚硫酸盐转化是甲基化实验非常重要的步骤,重亚硫酸盐转化需要苛刻的化学条件才能将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶,而苛刻的化学条件可能导致DNA降解,所以在转化效率、过度转化率、DNA稳定性、操作时间、DNA产量等方面,要想达到一个最佳的平衡,确实不是一件容易的事情。

德国伯恩大学及柏林工学院的科研工作者对市面上常见的三个品牌的9种重亚硫酸盐转化试剂盒进行了各个方面的比较,包括德国耶拿公司的innuCONVERT Bisulfite Basic KitinnuCONVERT Bisulfite All-In-One KitinnuCONVERT Bisulfite Body Fluids Kit;德国凯杰公司的EpiTect Fast FFPE Bisulfite Kit EpiTect Bisulfite Kit EpiTect Fast DNA Bisulfite KitZymo公司的EZ DNA Methylation-Gold KitEZ DNA Methylation-Direct Kit EZ DNA Methylation-Lightning Kit。此文章发表在了PLOS one 杂志上。评估的参数包括DNA得率、完整性、稳定性、纯度、转化效率、特异性、消耗时间、在不同样本中的转化表现(比如FFPE样本、大体积的血清/血浆样本)等。比较的结果摘要如下:

1DNA得率:innuCONVERT 显示了极好的得率--几乎所有的例子都显示我们的得率比EpiTect EZ DNA Methylation好。在石蜡包埋的固定组织中,我们的innuCONVERT盒子结果非常好,在这些起始材料中,DNA含量很少。

2DNA完整性:innuCONVERT EpiTect Fast盒子基于快速的亚硫酸盐转化过程,所以比EZ DNA Methylation盒子更能保证亚硫酸盐转化的DNA的完整性。

3DNA稳定性:innuCONVERT Bisulfite盒子家族得到的DNA相比其它盒子得到的DNA37度放置一个月后稳定性要好很多。亚硫酸盐转化后的DNA的稳定性对科研工作者是很重要的,因为相关研究要讲过较长的时间。

4、转化效率: innuCONVERT转化效率高达99%

5、消耗时间:innuCONVERT 盒子需要的时间是最短的,整个流程仅需131分钟。

6、不同样本材料的直接转化性能:相比其它的盒子,innuCONVERT Bisulfite All-In-One盒子的应用范围最广,得到的DNA得率高。

7、大体积样本(血浆、血清、尿液、胸腔积液、腹水等)的甲基化:到目前为止,innuCONVERT Bisulfite Body Fluids Kit是市面唯一能从大体积体液(最大3ml)中提取到亚硫酸盐转化的DNA

另外,还有几个非常重要的方面:

AEpiTect EZ DNA Methylation盒子家族产品需要一个热循环的过程,这个热循环的过程需要PCR仪。

BinnuCONVERT Bisulfite All-In-One盒子是唯一从FFPE组织中无需经过脱蜡而获得甲基化的DNA的盒子。因此,这个盒子可用于特殊的样本材料。这些样本如果通过二甲苯和乙醇的方式进行脱蜡处理和重复水合作用会导致组织的损失。 

 C、针对不同的样本起始材料(DNA,FFPE,细胞系,新鲜和冰冻组织支气管源性的细胞碎片,胸膜渗出物,腹水和尿液),innuCONVERT Bisulfite All-In-One盒子显示非常好的综合性能。目前液体活检的甲基化检测已应用于肿瘤早筛,前景非常广阔。

如果您需要此文献,请联系德国耶拿分析仪器股份公司。



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