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分子病理检测的好助手---blackPREP FFPE DNA kit

发布时间:2016/08/12 11:17 点击: 加载中..

分子病理检测核酸提取最佳选择

 

    分子病理学是一门新兴学科,是在基因水平上用分子生物学技术研究疾病发生发展的一个病理学分支学科。分子病理学进行的检测通常称之为基因检测,即取检测者的肿瘤组织、胸水或血液等,经提取和扩增其基因信息后,通过相应的分子生物学技术,对被检测者细胞中的DNA分子的基因信息进行检测,分析他的基因状态,从而对肿瘤的诊断或治疗提供一定的帮助。

分子病理与传统方法相比,具有精准性和便捷性,所以越来越多的病理科研工作者关注并应用此方法。目前,分子病理研究常用的方法有FISHARMSddPCRSanger测序、NGS、芯片等,这些方法大多数需要提取核酸。其中,样本很大一部分来源为石蜡包埋或者是福尔马林固定的组织样本。而有些组织切片样本保存时间较久,比如5年、10年甚至更长,核酸破坏严重,科研人员很难提取到高质量的核酸。核酸提取成了阻碍分子病理科研工作者的一大障碍。

德国耶拿公司的blackPREP FFPE DNA Kit,应用德国耶拿专利的双缓冲液技术,采用低离子强度的离液盐-非离液盐混合缓冲液,形成独特的裂解缓冲液和新型的结合缓冲液,在核酸的裂解能力与速度、核酸的纯度等方面有了非常好的表现。在blackPREP FFPE DNA Kit上的表现更有突出:

a、对于长时间的切片样本,比如5年、10年或更长时间的样本,依旧可以得到高质量的核酸;

b、无需脱蜡,直接裂解;市面上的其它品牌试剂盒都需要二甲苯或脱蜡液进行脱蜡,对实验者的健康有一定的影响;

c、操作简单,无需太多的人工操作。整个流程下来最多仅需2.5个小时;

d、对于穿刺样本等微量样本,表现非常优异;

e、人工干预少,减少了交叉污染的机率。

案例分享1

某甲级医院,该院想通过转化医学中心提高科研实力、发表高水平文章等来提升医院综合实力,该中心有大量的病例切片样本需要提取核酸,下游做二代测序和芯片。客户介绍2年以内的病例切片样本相对来说比较容易提取,而5年以上的病理切片使用Q公司的盒子根本无法提取得到DNA。故该实验室自己开发了一套提取方法,但是这种方法非常繁琐耗时,提取一个样本需要4-5天时间。所以客户想寻找一种方法,能够节省时间,又能提取到能满足下游实验的核酸。

客户找到了德国耶拿公司,测试了耶拿公司的blackPREP FFPE  DNA Kit,样本分别是2014年(2个)、2009年(1个)、2008年(1个)的大肠癌样本(每份3-4片)。实验方法按照耶拿公司的说明书进行操作(2014年洗脱体积为100 ul20092008年洗脱体积为50 ul)。结果如下:

Nandrop 2000检测结果

样品

浓度 ng/ul

260/280

260/230

1-2014

2695.8

1.92

2.06

2-2014

1360.1

1.96

2.13

3-2009

1104.9

1.94

2.06

4-2008

581.1

1.99

2.13

Qubit检测结果

样品

浓度 ng/ul

1-2014

382

2-2014

194

3-2009

118

4-2008

70.2

客户用以前自创的提取方法,提取10片左右蜡带或切片(满满的2.0ml冻存管),洗脱30ul2年内的浓度1000ng/ul左右,5年以上100-200ng/ul,但是需要4-5天时间。而AJ整个提取过程仅需2.5小时,只用3-4个蜡带提取的结果,无论是2年内还是5年以上样本都要优于客户方法。

综上结果可见,用耶拿公司的blackPREP FFPE DNA Kit,无论是2年内还是5年以上的样本,耶拿试剂盒都要比客户自创方法提取的好,且节省了大量的提取时间。客户非常满意。

案例分享2

某医院病理科目前开展分子病理检测项目,主要用于对之前做过手术的肿瘤病人进行用药指导,下游用定量PCR方法进行检测,定量检测要求阳性结果Ct值<20,外控(阳性对照)Ct值<15。目前,客户用Q公司的试剂盒对年限较长的样本的核酸提取结果不好。

     客户选择了医院的10年以上病理切片1-3号,每份约3-4片)和胃癌脑转移脑脊液的病例切片(4号,样本量非常少),用耶拿公司和Q公司的同时进行比较,结果如下(洗脱体积50 ul):

     某国产紫外检测结果

样本

AJ 浓度 ng/ul

Q 浓度 ng/ul

AJ 260/280

Q 260/280

AJ 260/230

Q 260/230

1

1237.6

341.25

1.979

2.035

1.867

1.879

2

958.55

95.25

1.927

1.956

1.712

1.851

3

234.3

9.55

1.907

1.873

1.724

1.522

4

18.2

1.973

1.734

Nandrop 2000检测结果

样本

AJ 浓度 ng/ul

Q 浓度 ng/ul

AJ 260/280

Q 260/280

AJ 260/230

Q 260/230

1

1383.7

386.9

1.98

2.03

2.26

1.2

2

980.3

114.4

1.92

2.14

1.99

0.54

3

261.5

16.3

1.87

2.74

1.92

0.1

 

Qubit检测结果

样本

AJ 浓度 ng/ul

Q 浓度 ng/ul

1

151

39.1

2

140

2.91

3

20

0.84

     

之后客户做了定量PCR,其中微量的4Ct19.2,有突变,与临床诊断一致。客户非常满意。

德国耶拿公司除了为客户提供手动的核酸提取试剂盒,还提供核酸提取自动化的解决方案。如果您在核酸提取检测方面有任何问题,欢迎您来电咨询。

 

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